Okulumuz 1924 yılında Tabakhane semtindeki bir binada Kız Ortaokulu olarak öğretime başlamıştır. 1942–1943 Eğitim-Öğretim yılında bugünkü Kurtuluş İlkokulu’na geçerek karma öğretime geçmiştir. Daha sonra Uzun Sokak semtindeki Nemlioğlu Binası’na (Şimdiki Öğretmenevi) taşınmıştır.

1973–1974 öğretim yılında, Fatih Mahallesi’nde yeni yapılan binaya, Cumhuriyetin 50. yılı münasebetiyle, “ Trabzon Kız Ortaokulu” adı ile nakledildi, 1976–1977 öğretim yılında da 50. Yıl Ortaokulu’na “Fatih Ortaokulu” adı verildi. 1977 yılı Kasım ayında da liseye olan ihtiyaç göz önünde bulundurulup, ortaokul liseye dönüştürülerek “Fatih Lisesi” adı verildi.

1986–1987 Eğitim-Öğretim yılından itibaren ortaokul bölümüne öğrenci kaydı yapılmamış ve 1989–1990 öğretim yılından itibaren ortaokul kısmı kaldırılarak sadece lise kısmı kalmıştır. Fatih Lisesi, 20 Eylül 1992 tarihinde Tanjant yolu yanında yapılan bugünkü yeni binasına taşınmış ve açılışı dönemin Milli Eğitim Bakanı Köksal TOPTAN tarafından yapılmıştır.

Okulda 1992–1993 Eğitim-Öğretim yılında Yabancı Dil Ağırlıklı Lise kısmı açılmış ve halen iki bölüm halinde devam etmektedir. Fatih Lisesi, Milli Eğitimi geliştirme Projesi kapsamında yer alan 208 Laboratuar okulundan birisidir. 2004–2005 Eğitim-Öğretim yılında ise MEGEP projesini uygulayan pilot okullardan biri olmuştur.
Okulda MEGEP tarafından donatılan 30 bilgisayara haiz bir teknoloji sınıfı bulunmaktadır. Öğrenciler boş zamanlarında teknoloji sınıfını kullanarak faydalanmaktadırlar.

Lise halen,1 müdür, 1müdür başyardımcı, 3 müdür yardımcısı, 85 öğretmen, 1 memur, 2 hizmetli, 1434 genel lise öğrenci, 100 yabancı dil ağırlıklı lise öğrenci ile Eğitim-Öğretimini sürdürmektedir.

            Okulun elde ettiği bazı başarılar şunlardır:
1998 ÖSS sayısal alanda Doğu Karadeniz Bölge 1. liği
1996–1997 Bilgi yarışmasında Trabzon 1. liği
1996–1997 Kız-Erkek Voleybol il 1. liği ve Masatenisi il 1. liği
1997–1998 yılında öğrenciler tarafından da GENÇ KALEMLER adı ile aylık dergi çıkarılmıştır.
1998–1999 yılında okullar arası bilgi yarışmasında il 1. liği
1998–1999 Futbol Türkiye Yarıfinal 1. liği

OKULUMUZUN MÜDÜRLERİ

1. Kâmil REİS                                         1977 / 1978
2. Turan ERGİN                                      1978 / 1982
3. İrfan Cavit SÖNMEZ                           1982 / 1988
4. Emin Aktan GÜNER                          1988 / 1994
5. Rauf TOKGÖZ                                    1995 / 1996
6. Turan KOCAMANOĞLU (Md V)        1996 / 1999
7. Gürol KARAHASANOĞLU                 1999 / 2005
8. Ali TURAN (Md V)                                2005 / 2006
9. Turan KOCAMANOĞLU (Md V)         2006
10. Emin Aktan GÜNER                           2006 / Halen Görevde